內銷補稅是加工貿易企業稽查重點，在日常管理中必須要注重。內銷補稅分為成品內銷，不良品和殘次品補稅，邊角料補稅。在企業中牽涉到物流管理，倉庫管理，生產線，生產管理，財務，關務等各個部門。關務部門要將內銷補稅的要求告知相關部門，并督促他們做好相關管理。
成品內銷補稅的業務鏈條：（1）接收內銷訂單（生產管理部門）--（2）制定內銷生產計劃（生產管理部門）--（3）內銷生產（生產線）--（4）成品倉庫入庫--成品倉庫出庫（倉庫管理部門）--（5）銷售（財務部門）。
關務部門要求各部門保管好內銷相關數據，重點確認第（4）和第（5）項業務的數據要吻合。由于使用集中內銷補稅，在補稅時成品已經銷售了，所以不存在對實物的庫存管理。
不良品和殘次品補稅的業務鏈條：（1）不良品和殘次品產生（生產部門，技術部門）--（2）不良品和殘次品收集（倉庫管理部門）--（3）定期補稅（關務部門）--（4）不良品和殘次品處理（企業指定部門）。
關務部門要教育和監督生產部門和技術部門將產生的保稅不良品和殘次品全部交給倉庫管理部門。由于海關不一定同意不良品和殘次品補稅適用集中內銷補稅，所以要先補稅后處理，關務部門在申報前要確認不良品和殘次品的庫存和補稅數量是否一致。并且要求相關部門留下不良品和殘次品的廢棄或轉賣記錄。
邊角料補稅的業務鏈條：（1）邊角料產生（生產部門）--（2）邊角料收集（倉庫管理部門）--（3）拍賣和定期補稅（關務部門）--（4）不良品和殘次品處理（企業指定部門）。
關務部門要教育和監督生產部門將產生的保稅邊角料全部交給倉庫管理部門。邊角料不適用集中內銷補稅，所以要先補稅后處理，并且要通過符合要求的拍賣平臺競拍確定價格。關務部門在申報前要確認邊角料的拍賣數量和補稅數量是否一致。并且要求相關部門按補稅數量轉賣邊角料，并留下記錄。
企業內部管理環環相扣，如果沒有完整的管理鏈條，就可能會出現內銷數量和補稅數量不一致，超過規定期限補稅，甚至是擅自處理保稅料件等違規事故。
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