對于加工貿易手冊，從企業的角度來看，是進出口保稅貨物的必要工具。而從海關的角度看，則是加工貿易企業的保稅生產經營情況是否正常的晴雨表。
以最簡單的例子來說，同一家企業有多本加工貿易手冊，只要能夠進口料件，就可以開展生產和出口了。至于使用那一本手冊進口，出口，對生產經營沒有影響。而從海關的角度來看則不一樣，如果有一本手冊，沒有進口記錄，但是有出口記錄，先出后進或有進無出，就是一個非常異常的信號。“這家企業的料件從何而來？有無正確申報？”山東某企業的加工貿易手冊在2022年6月出口成衣，9月才進口布料，被海關稽查時發現手冊串料而受到處罰。
造成上述情況的原因有可能是企業借用保稅料件，不管出于什么原因，是否及時歸還，借用保稅料件都是違規的。也有因為特殊原因，使用了國產料件，這種情況要提前和所在地主管海關的加貿部門報備。更常見的原因是不同手冊之間的串料，在不同的手冊備有相同的料件，在進口時報關員無法判斷該使用那一本手冊辦理進口通關手續。
事實上報關員只能從項號和品名區分該使用什么手冊進口，如果項號和品名都相同的情況下，是無法區分料件和成品的對應關系的。只有生產管理部門才知道該批進口保稅料件，是用于哪一批次的成品。但生產管理部門不知道這些保稅料件和成品備案在那一本手冊中。總而言之，由于部門分工和情報碎片化，要正確區分使用手冊不是件容易的事。
有多本加工貿易手冊的企業，相同料件的串料是常態化的事情。但只要不是很異常，例如先出后進或有進無出，海關是看不出來的。但是手冊串料也是造成保稅料件在庫異常的重要原因之一，如果不同成品，相同料件較多的情況，還是使用加工貿易賬冊管理更為恰當，可以規避合同串料的風險。
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