進境入綜合保稅區機電設備的對綜合保稅區從境外進口的機電設備，海關按照減免稅設備進行。
1.設備進境入區
免征稅款
綜保區進口的機電設備，通常均免征進口關稅和進口環節海關代征稅，但進通運輸工具、生活消費用品須照章征稅。
免許可
需要《進口許可證》或《自動進口許可證》的，免于提交許可。
貿易
海關通過金關二期特殊區域TD賬冊機電設備，企業申報設備進境入區，保稅核注清單貿易為“境外設備進區”（全稱“海關特殊區域從境外進口的設備及物資”，代碼“5335”）。
3年年限
年限自設備進口放行之日起計算，為3年。
檢驗檢疫
屬于舊機電產品的，必須辦理檢驗檢疫手續。
2.設備退運出境
進口設備使用完畢，原則上應退運出境，保稅核注清單申報貿易為“區內設備退運”（全稱“海關特殊區域設備及物資退運境外”，代碼“5361”）。
3.設備出區進口
在年限內進口
在3年年限內出區內銷的，海關按照實際月份折舊征收關稅及進口環節海關代征稅。完稅價格計算公式如下：補稅完稅價格＝設備原進口時價格×〔1-設備已進口月份數/36（個月）〕。
設備已進口月份自放行之日起按月計算
不足1個月但超過15日的，按1個月計算；不超過15日的，不予計算。
年限屆滿進口
滿3年年限的，出區時不再征收稅款。
上述設備不論年限是否屆滿，出區進口時必須提交與其入境狀態一致的機電產品進口許可。
設備解除時，保稅核注清單申報為“設備進出區”（全稱“設備及物資進出海關特殊區域”，代碼“5300”）。
企業不得申報代碼是“BBBB”的“不作價設備解除”，該僅適用于區外的加工貿易不作價設備。
對在區內使用過的設備，出區時海關一般不實施檢驗
