高級認證內(nèi)部審計既要對進出口活動進行內(nèi)部審計，也要對持續(xù)符合高級認證企業(yè)標準進行審計。可以合并在一次審計活動進行，也可以分開進行，但每年至少實施一次。
要推進上述的審計活動，企業(yè)內(nèi)部需要建立相應(yīng)的組織。從工作職能上看應(yīng)由企業(yè)的內(nèi)部審計部門來負責(zé)高級認證內(nèi)部審計，但是會增加了內(nèi)部審計部門的工作量。而通關(guān)部門是海關(guān)高級認證的申請和推動部門，最清楚海關(guān)高級認證的要求，但不能擔(dān)任進出口活動內(nèi)部審計，否則就有自己審自己的尷尬了。所以由內(nèi)部審計部門來負責(zé)是最合適的。但并不意味著把高級認證內(nèi)審大量的工作都甩給內(nèi)審部門，通關(guān)部門和其他與高級認證相關(guān)的部門要積極協(xié)助。
還有一種組織方法也是海關(guān)認可的，即企業(yè)內(nèi)成立專門的高級認證內(nèi)部審計組織。例如由通關(guān)部門，內(nèi)審部門牽頭，企業(yè)內(nèi)其他與高級認證相關(guān)的部門（人事部門，安全部門，物流部門，it部門，財務(wù)部門）參加，成立專門的高級認證內(nèi)部審計組織。該組織接受法人或董事長的領(lǐng)導(dǎo)，并直接向他們報告。
這種高級認證內(nèi)部審計組織在組建時需要與企業(yè)各部門協(xié)調(diào)，與法人或董事長報告，制作組織圖等資料，相對比較麻煩。但好處在于調(diào)動了企業(yè)內(nèi)高級認證相關(guān)業(yè)務(wù)的積極性，廣泛宣傳高級認證的守法意識，培養(yǎng)更多熟悉高級認證標準的人員。企業(yè)內(nèi)各部門都對本部門的高級認證相關(guān)業(yè)務(wù)和要求了如指掌。知道什么該做，什么不該做。
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